Table 4 Example of a M1 and M2-M3 mapping against an ad hoc library of 16 ITS-LSU concatenate rDNA sequences of type strains of pathogenic yeasts (CMC 1912 strain).

C. albicans

212,814

1,426

99,90%

99,00%

203,48

6,14%

6,14%

9,26%

6,14%

6,08%

6,80%

C. dubliniensis

12,362

80

53,20%

99,30%

10,01

0,34%

0,36%

0,46%

0,19%

0,35%

0,34%

C. famata

1,863

6

24,40%

98,80%

0,56

0,03%

0,05%

0,03%

0,01%

0,05%

0,03%

C. glabrata

3,004,133

20,223

100,00%

99,00%

1813,15

87,06%

86,74%

82,51%

86,74%

85,87%

86,41%

I. orientalis

2,689

12

42,20%

96,60%

1,3

0,05%

0,08%

0,06%

0,03%

0,07%

0,06%

C. metapsilosis

3,886

20

43,10%

99,00%

1,93

0,09%

0,11%

0,09%

0,05%

0,11%

0,09%

C. orthopsilosis

8,590

52

92,30%

99,10%

6,34

0,22%

0,25%

0,29%

0,23%

0,25%

0,25%

C. parapsilosis

70,672

468

99,10%

96,90%

61,27

2,01%

2,04%

2,79%

2,02%

1,98%

2,18%

C. pararugosa

0

0

0

0

0

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

D. rugosa

1,034

2

4,50%

92,90%

0,05

0,01%

0,03%

0,00%

0,00%

0,03%

0,01%

C. sake

105,986

703

35,00%

99,00%

69,76

3,03%

3,06%

3,17%

1,07%

3,03%

2,69%

C. tropicalis

23,711

154

96,40%

99,20%

20,51

0,66%

0,68%

0,93%

0,66%

0,68%

0,73%

C. utilis

1,705

5

14,70%

99,70%

0,53

0,02%

0,05%

0,02%

0,01%

0,05%

0,03%

C. lusitaniae

970

2

12,70%

100,00%

0,13

0,01%

0,03%

0,01%

0,00%

0,03%

0,01%

M. guilliermondii

8,425

52

97,70%

98,90%

6,21

0,22%

0,24%

0,28%

0,24%

0,24%

0,25%

S. cerevisiae

4,642

25

19,00%

99,20%

2,32

0,11%

0,13%

0,11%

0,03%

0,13%

0,10%

B

Mapping M2-M3 Algorithm: BTL

Mapping

parameters

Indexes

# Nucleotides

# Sequences

% Of Ref Seq

% Pairwise Identity

Mean Cover.

Iread

Inuc

Icov

Iref

Isim

Isyn

C. albicans

91,888

606

96,40%

98,20%

89

2,86%

2,90%

4,62%

2,33%

2,88%

3,13%

C. dubliniensis

0

0

0,00%

0,00%

0

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

C. famata

0

0

0,00%

0,00%

0

0,01%

0,04%

0,01%

0,00%

0,03%

0,02%

C. glabrata

3,231,287

21,757

100,00%

87,70%

2413,9

96,13%

95,85%

94,02%

95,85%

94,32%

95,74%

I. orientalis

1,221

2

13,60%

77,10%

0,1

0,02%

0,04%

0,01%

0,01%

0,04%

0,02%

C. metapsilosis

0

0

0,00%

0,00%

0

0,02%

0,05%

0,01%

0,00%

0,05%

0,02%

C. orthopsilosis

2,355

9

44,50%

97,80%

1,1

0,06%

0,09%

0,08%

0,06%

0,09%

0,08%

C. parapsilosis

18,410

116

87,00%

99,00%

15,9

0,48%

0,51%

0,70%

0,39%

0,51%

0,52%

C. pararugosa

0

0

0,00%

0,00%

0

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

D. rugosa

0

0

0,00%

0,00%

0

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

C. sake

0

0

0,00%

0,00%

0

0,09%

0,12%

0,08%

0,01%

0,12%

0,09%

C. tropicalis

6,670

38

55,10%

99,40%

5,1

0,22%

0,25%

0,34%

0,18%

0,25%

0,25%

C. utilis

0

0

0,00%

0,00%

0

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

C. lusitaniae

0

0

0,00%

0,00%

0

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

M. guilliermondii

4,147

21

47,70%

98,80%

2,7

0,10%

0,13%

0,14%

0,09%

0,13%

0,12%

S. cerevisiae

0

0

0,00%

0,00%

0

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%

0,00%