Skip to main content

Table 4 Example of a M1 and M2-M3 mapping against an ad hoc library of 16 ITS-LSU concatenate rDNA sequences of type strains of pathogenic yeasts (CMC 1912 strain).

From: NGS barcode sequencing in taxonomy and diagnostics, an application in “Candida” pathogenic yeasts with a metagenomic perspective

A            
Mapping M1 Algorithm: BTL   Mapping parameters         
  # Nucleotides # Sequences % Of Ref Seq % Pairwise Identity Mean Cover. Iread Inuc Icov Iref Isim Isyn
C. albicans 212,814 1,426 99,90% 99,00% 203,48 6,14% 6,14% 9,26% 6,14% 6,08% 6,80%
C. dubliniensis 12,362 80 53,20% 99,30% 10,01 0,34% 0,36% 0,46% 0,19% 0,35% 0,34%
C. famata 1,863 6 24,40% 98,80% 0,56 0,03% 0,05% 0,03% 0,01% 0,05% 0,03%
C. glabrata 3,004,133 20,223 100,00% 99,00% 1813,15 87,06% 86,74% 82,51% 86,74% 85,87% 86,41%
I. orientalis 2,689 12 42,20% 96,60% 1,3 0,05% 0,08% 0,06% 0,03% 0,07% 0,06%
C. metapsilosis 3,886 20 43,10% 99,00% 1,93 0,09% 0,11% 0,09% 0,05% 0,11% 0,09%
C. orthopsilosis 8,590 52 92,30% 99,10% 6,34 0,22% 0,25% 0,29% 0,23% 0,25% 0,25%
C. parapsilosis 70,672 468 99,10% 96,90% 61,27 2,01% 2,04% 2,79% 2,02% 1,98% 2,18%
C. pararugosa 0 0 0 0 0 0,00% 0,00% 0,00% 0,00% 0,00% 0,00%
D. rugosa 1,034 2 4,50% 92,90% 0,05 0,01% 0,03% 0,00% 0,00% 0,03% 0,01%
C. sake 105,986 703 35,00% 99,00% 69,76 3,03% 3,06% 3,17% 1,07% 3,03% 2,69%
C. tropicalis 23,711 154 96,40% 99,20% 20,51 0,66% 0,68% 0,93% 0,66% 0,68% 0,73%
C. utilis 1,705 5 14,70% 99,70% 0,53 0,02% 0,05% 0,02% 0,01% 0,05% 0,03%
C. lusitaniae 970 2 12,70% 100,00% 0,13 0,01% 0,03% 0,01% 0,00% 0,03% 0,01%
M. guilliermondii 8,425 52 97,70% 98,90% 6,21 0,22% 0,24% 0,28% 0,24% 0,24% 0,25%
S. cerevisiae 4,642 25 19,00% 99,20% 2,32 0,11% 0,13% 0,11% 0,03% 0,13% 0,10%
B            
Mapping M2-M3 Algorithm: BTL   Mapping parameters      Indexes    
# Nucleotides # Sequences % Of Ref Seq % Pairwise Identity Mean Cover. Iread Inuc Icov Iref Isim Isyn
C. albicans 91,888 606 96,40% 98,20% 89 2,86% 2,90% 4,62% 2,33% 2,88% 3,13%
C. dubliniensis 0 0 0,00% 0,00% 0 0,00% 0,00% 0,00% 0,00% 0,00% 0,00%
C. famata 0 0 0,00% 0,00% 0 0,01% 0,04% 0,01% 0,00% 0,03% 0,02%
C. glabrata 3,231,287 21,757 100,00% 87,70% 2413,9 96,13% 95,85% 94,02% 95,85% 94,32% 95,74%
I. orientalis 1,221 2 13,60% 77,10% 0,1 0,02% 0,04% 0,01% 0,01% 0,04% 0,02%
C. metapsilosis 0 0 0,00% 0,00% 0 0,02% 0,05% 0,01% 0,00% 0,05% 0,02%
C. orthopsilosis 2,355 9 44,50% 97,80% 1,1 0,06% 0,09% 0,08% 0,06% 0,09% 0,08%
C. parapsilosis 18,410 116 87,00% 99,00% 15,9 0,48% 0,51% 0,70% 0,39% 0,51% 0,52%
C. pararugosa 0 0 0,00% 0,00% 0 0,00% 0,00% 0,00% 0,00% 0,00% 0,00%
D. rugosa 0 0 0,00% 0,00% 0 0,00% 0,00% 0,00% 0,00% 0,00% 0,00%
C. sake 0 0 0,00% 0,00% 0 0,09% 0,12% 0,08% 0,01% 0,12% 0,09%
C. tropicalis 6,670 38 55,10% 99,40% 5,1 0,22% 0,25% 0,34% 0,18% 0,25% 0,25%
C. utilis 0 0 0,00% 0,00% 0 0,00% 0,00% 0,00% 0,00% 0,00% 0,00%
C. lusitaniae 0 0 0,00% 0,00% 0 0,00% 0,00% 0,00% 0,00% 0,00% 0,00%
M. guilliermondii 4,147 21 47,70% 98,80% 2,7 0,10% 0,13% 0,14% 0,09% 0,13% 0,12%
S. cerevisiae 0 0 0,00% 0,00% 0 0,00% 0,00% 0,00% 0,00% 0,00% 0,00%
  1. Legend. (a) Mapping of a FASTQ file against a selected library of 16 type strains of pathogenic yeasts; (b) Mapping of the FASTQ file against the type strains of the presumptive species and the resulting mapping of the residual unused reads.